相比超人：钢铁之躯，虽然设定上参照了佐德将军入侵地球的背景，这一版超人却也基本上是完全不同的两个故事。
克拉克·肯特在南极冰层的氪星飞船内知晓了自己的身份，并且获得了正式的超人战衣。
初期的宣传中，西蒙参照超人：钢铁之躯中的造型设计的超人战衣还引起了一些争议，随着影片上映日期临近，力量感十足的全新超人战衣也获得了越来越多的认可，很多超人粉丝甚至认为，这才是超人真正该有的样子。
换上战衣，领悟了自身所拥有的力量，超人第一次飞跃冰川、跨过大海、横穿大漠、掠过草原最终冲向辽阔星空俯瞰地球的画面，再次给观众带来了一场冲击力十足的视觉盛宴。
对于参加首映的好莱坞电影人来说，这组不到1分钟的镜头中所蕴含的先进特效技术，甚至让人产生一种强烈的无力感。
好莱坞的主流依旧在追求那些性价比越来越低的大明星大导演，丹妮莉丝娱乐通过技术上不遗余力的投入，已经将所有人都远远甩开。
超人觉醒的同时，南极冰层内偶然被其所救的星球日报记者露易丝·莱恩开始探询这位外星来客的底细，沿着克拉克·肯特曾经的冒险踪迹，一路追索，逐渐接近了真相。
遥远的太空，接收到氪星飞船的信号，佐德将军率领自己的属下来到地球。
超人：钢铁之躯中，佐德将军抵达地球，直接开启全球广播要求交出隐藏在人类当中的氪星人，因此引发了一次全球舆论风波。
扎克·施耐德的本意是通过这段情节拷问人性，增加电影内涵，同时反衬出超人近乎完美的‘神性’，即使遭遇人类背叛，他依旧选择站在人类一边，进而将故事导向超人在蝙蝠侠大战超人中的悲情结局。
西蒙从一开始规划dc电影宇宙过程中就没有考虑过玩深层玩暗黑，如果必须抛弃一些什么，他会毫不犹豫选择将dc电影宇宙制作成纯粹的爆米花系列。
这部超人同样如此。
因此，抵达地球的佐德将军一行并没有再开启全球广播，而是直接无视了生活在这个星球上的脆弱‘蝼蚁’，自行调查发出信号的氪星飞船，并且通过克拉克·肯特遗留下来的蛛丝马迹，确认肯特很可能是乔·艾尔的后裔。
最关键的一点，乔·艾尔的后裔身上很可能拥有蕴含着足以重建氪星力量的母盒。
佐德将军一直希望重建氪星。
找到母盒，流浪太空数百年以来的夙愿就能实现，他们脚下这颗资源丰富的土著星球，恰好也能够作为重建氪星的原材料。
通过收集甄别人类世界的信息，佐德将军一行很快确认了克拉克·肯特的身份，直奔肯特的家乡。
肯萨斯州，克拉克·肯特从小长大的斯莫维尔小镇。
露易丝·莱恩终于在超人养父乔纳森·肯特的墓碑前见到了这位外星来客，克拉克没有再隐瞒自己的身份，而是向露易丝讲述了自己养父在一次本可以被他拯救的意外中死去的经历，以此表明自己对这个世界的态度。
然后，氪星飞船从天而降。
仓促的遭遇战，整个斯莫维尔小镇几乎被摧毁，为了保护母亲、露易丝·莱恩以及小镇的居民，克拉克·肯特只能任由佐德将军夺走母盒。
宇宙飞船现身，强大的外星人对决，小镇遭遇肆虐过的断壁残垣，消息迅速传开。
联邦政府习惯性地封锁了整个小镇，以避免恐慌为由严控消息外泄，同时开始追索氪星飞船的下落。
克拉克·肯特提前悄然带着露易丝·莱恩离开。
南极冰层氪星飞船内与生父遗留信息的沟通中，克拉克·肯特知道母盒蕴含着强大的能量，乔·艾尔也一再叮嘱克拉克·肯特守护好母盒。
超人原本没有想过动用母盒的力量，因此也不知道佐德将军一行人打算利用母盒做什么。
不过，肯特和莱恩两人都感受到了强烈的威胁，本能地认为应该把母盒抢回来。
故事线继续推进。
联邦政府很快找到了氪星飞船的下落，试探接触过程中遭遇攻击，紧要关头超人及时赶到。
第二场高潮戏份。
联邦军队在超人的掩护下撤退，超人与佐德将军对峙过程中，得知了对方的目的。
为了重建氪星的大局，佐德将军还试图招揽超人，遭到拒绝。
再次一番激战后，超人意识到自己必须与联邦政府合作，于是主动与军方展开接触，试图阻止佐德将军的阴谋。
这个过程中，母盒激活完毕。
氪星飞船出现在大都会城市上空，利用母盒提供的能量开始对地球进行改造，大都会遭到巨大破坏。
开篇的氪星大战场景之后，丹妮莉丝特效再次贡献了一次极其震撼的城市遭遇摧毁的画面。
而且，不同于幻想中的氪星，这次被摧毁的，完全是现实中存在的城市，因此不可避免地引发了观众的强烈代入感。
最后大战。
为了拯救世界，超人与军方携手摧毁了氪星飞船，并且在一场‘超人’